تعد الحوكمة عاملا من عوامل الكفاءة المؤسساتية حيث تتطرق الدراسة إلى اثر الحوكمة في المصارف الإسلامية لكل من العراق والاردن، محاولين بذلك الوصول إلى ما تتميز به المصارف الإسلامية في كلا البلدين، وكيف يمكن أن تستفيد هذه المصارف من هذه النظرية. إنّ حوكمة المصارف الإسلامية يساعد على إمكانية صياغة استراتيجية عامة للمصارف الإسلامية بهدف إيجاد حلول للتحديات الداخلية والخارجية التي تواجه هذه المصارف. والحوكمة فكراً حديثاً بدأ تداوله في دوائر عديدة في العراق والأردن في إطار تطبيق هذا الفكر العالمي لتحسين مستوى الأداء الإداري واستخدامه كأداة اقتصادية لتحسين المسار الاقتصادي المحلي، فهي بمثابة استراتيجية شاملة ترسم هيكلية عمل الشركات والمصارف في إطار استخدام نظام أخلاقي وإداري ومالي رشيد يؤهل اقتصاديات هذه الشركات والمصارف إلى اقتصاد السوق، ويتحول بالاقتصاد الوطني للاقتصاد التنافسي، ويقضي على الفساد ويحقق الاستقرار والنمو . هدف الدراسة جعل المصارف الإسلامية بغنى عن تطبيق مبادىء الحوكمة ؛ مادامت تعاليم الشريعة الاسلامية تضم كل تلك المبادىء من عدالة وشفافية ومسؤولية ومسائلة . وترتكز الحوكمة على مجموعة من المبادىء الرئيسية العامة تمكّن من استنتاج هياكل عمل لتطوير اقتصاديات الشركات والمؤسسات والبنوك، هذه المبادىء الأربع هي: المسؤولية( ) والشفافية( ) والمسائلة( ) والعدالة( )، ويمكن تطويع هذه المبادىء لأي شركة أو مصرف، ومن هذه المبادىء مبدأ المشاركة في الربح والخسارة والغنم بالغنم والمتاجرة على أساس الملكية لا على أساس الدين ؛والالتزام بأحكام الشريعة الاسلامية. الحوكمة بمبادئها وخصائصها التي عرضنا لها من مسائلة وشفافية وعدالة تتفق وروح الإسلام، بل هي من المبادىء الأساسية للاقتصاد الإسلامي في العمل . والمصارف الإسلامية تمثل عصب الاقتصاد الإسلامي وأمل المسلمين في التعامل بدون ربا والاستثمار بما يتفق مع الشريعة الإسلامية ولها دور اجتماعي واقتصادي وديني رائد في دعم المجتمعات الاسلامية. تواجه هذه المصارف الإسلامية العديد من التحديات الداخلية والخارجية التي تهدد ما حققه من نجاح بل وتهدد كيانات قائمة بالفناء وتهدد الدور الاجتماعي والاقتصادي للمصارف الاسلامية في دعم المشروعات الوطنية . وتتميز الحوكمة في المصارف الاسلامية كونها حوكمة ثنائية ناتجة عن وجود مجلسين مختلفين هما : 1-مجلس الإدارة - مراقبة الجانب الإداري للبنك . 2-هيئة الرقابة الشرعية - بهدف مدى توافق العمليات المصرفية مع الشريعة الاسلامية . ويقترح بعض المراقبين إنشاء مجلس محلي أعلى للفتوى يتكون من صفوة الشيوخ والعلماء والخبراء ذوي المعرفة الرفيعة بأحكام الشرع وبالمعاملات المصرفية ليساهم في إثراء القرارات الشرعية وتفصيل العقود وتحديد شروطها وأحكامها بدقة من الناحية الدينية والتنظيمية بما يبتعد عن أي تدليس أو جهالة أو غرر .